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#19730 : BioDive Shotgun
Topics: Metagenomics (Shotgun)
Origin: Academic
Project type: Expertise

Name of Applicant: Rimet Frédéric
Date of application: 13-05-2025
Unit: Other
Location: INRAE
Phone: 0450267874
@ Mail: frederic.rimet@inrae.fr
@ PI-Mail: frederic.rimet@inrae.fr

Project context and summary:

Nous connaissons relativement bien le microphytobenthos littoral de surface (composé majoritairement de diatomées) au travers de l’évolution saisonnière de sa diversité et de ses stratégies fonctionnelles, la répartition spatiale de sa diversité, l’impact du bassin versant sur sa composition. Par contre, ce compartiment dans la zone benthique littorale de sub-surface est nettement moins bien connu dans le Léman mais également dans les autres lacs.
Des échantillons entre 2 m et 28 m de profondeur dans la zone benthique du Léman (St Disdille) ont été réalisés pendant 1 an (2022 – 2023). Un séquençage en métabarcoding diatomées a été déjà réalisé pour appréhender l’évolution saisonnière des communautés.
L’objectif de ce projet soumis ici est d’appréhender l’évolution saisonnière fonctionnelle par shotgun.


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Service Delivery
Manager: azimdine.habib@pasteur.fr
Status: Kick-off meeting


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