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#16999 : Caractérisation génétique de patients HIV controllers « extrêmes »
Topics: Bioinformatics (Dry)
Origin: IP
Project type: Collaboration

Name of Applicant: Lisa Chakrabarti
Date of application: 03-07-2023
Unit: Virus and Immunity
Location: 22-01-10
Phone: 0145688945
@ Mail: chakra@pasteur.fr

Project context and summary:

Les patients HIV controllers sont de très rares patients vivant avec le VIH chez qui la réplication virale est contrôlée spontanément sans traitement. Ces patients représentent moins de 0.5 % des patients vivant avec le VIH. La compréhension des mécanismes permettant un tel contrôle est essentielle dans les perspectives de stratégies de rémission de l’infection par le VIH.

Le rôle de paramètres génétiques a été évoqué très tôt pour expliquer le phénotype HIV controller. Pourtant, l’exploration génétique sous forme d’étude d’association pangénomique (GWAS) ou de séquençage d’exome est restée jusqu’ici peu informative, pointant uniquement le rôle des gènes du complexe majeur d’histocompatibilité et le gène codant pour le chimiorécepteur CCR5. Ces résultats n’expliquent que 20 à 30 % de l’impact de la génétique chez ces patients. Une étude génomique approfondie est donc nécessaire, ce qui sera mené par séquençage sur génome entier. Des patients HIV controllers caractérisés par un contrôle viral particulièrement efficace ont été recrutés dans la cohorte ANRS CO21 CODEX, en collaboration avec le Pr O. Lambotte (CHU Bicêtre). Ces patients sont dits “uHIC”, for “undetectable HIV controllers”, ne montrent pas de charge virale détectable par les tests de qRT-PCR classiques. Le séquençage de leur génome a été effectué au Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CEA, Evry). Le projet porte sur l’analyse de la liste de gènes candidats obtenue lors de ce séquençage.


Related team publications:
– Claireaux M., Robinot R, Patgaonkar M., Staropoli I., Brelot A., Nouël A., Gellenoncourt S., Tang X., Héry M., Volant S., Perthame E., Avettand-Fenoël V., Buchrieser J.1, Cokelaer T., Bouchier C., Ma L., Boufassa F., Hendou S., Libri L., Hasan M., Zucman D., de Truchis P., Schwartz O., Lambotte O., and Chakrabarti L.A.* (2022) Low CCR5 expression protects HIV-specific CD4+ T cells of elite controllers from viral entry. Nature Communications 13:521; doi: 10.1038/s41467-022-28130-0
– Galperin M.*, Farenc C.*, Mukhopadhyay M., Jayasinghe D., Decroos A., Benati D., Tan L.L., Ciacchi L., Reid H.H., Rossjohn J.**, Chakrabarti L.A.**, and Gras S.** (2018) CD4+ T cell mediated HLA class II cross-restriction in HIV controllers. Science Immunology. 2018 Jun 8;3(24). pii: eaat0687. doi: 10.1126/sciimmunol.aat0687.
– Brelot A., and Chakrabarti L.A.* (2018) CCR5 Revisited: How Mechanisms of HIV Entry Govern AIDS Pathogenesis. Journal of Molecular Biology 2018 Aug 17; 430(17):2557-2589. doi: 10.1016/j.jmb.2018.06.027
Service Delivery
Manager: thomas.cokelaer@pasteur.fr
Status: Data analysis


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