La méthanisation agricole permet le recyclage de la fraction organique de nos déchets grâce à l’action de bactéries anaérobies et en conditions contrôlées. Ce processus va générer une matière hétérogène appelée digestat, riche en éléments nutritifs. Il peut être utilisé en épandage afin de valoriser ce « biodéchet » et remplacer tout ou partie des engrais. Cependant, il existe un risque de détérioration de la qualité des sols liée à cette utilisation du digestat, notamment car il est de plus en plus produit avec des intrants agro-industriels dont on ne mesure pas encore aujourd’hui les effets.
Il a été montré que les pratiques culturales influencent fortement la santé des sols qui résulte d’interactions multiples entre des composantes physico-chimiques et biologiques. Le sol est en effet un milieu très complexe et hyper compétitif, contenant un grand nombre de microorganismes. C’est une ressource vivante et dynamique, dans laquelle les champignons, en particulier, jouent un rôle majeur par leur capacité à dégrader la biomasse. Mieux connaître la composition chimique et la biodiversité du sol peut donc permettre de poser un diagnostic sur l’état des sols dans un contexte où l’utilisation de nombreux intrants influence fortement l’équilibre des systèmes vivants en place. Dans ce contexte, des échantillonnages des sols au niveau des UMA sélectionnées ont été effectués et nous proposons d’analyser la diversité des microorganismes présents par metagenomics Shotgun.
