L’anaplasmose granulocytaire est une maladie zoonotique émergente due à Anaplasma phagocytophilum (Aph), une bactérie strictement intracellulaire de l’ordre des rickettsiales, transmise par les tiques Ixodes. Il a été montré une variété de signes cliniques observés chez les humains et les animaux après infection par Aph ; de même qu’un tropisme à un nombre limité d’hôtes de chaque souche d’Aph. La base génétique de cette diversité est encore peu connue. En effet, cette bactérie est difficilement cultivable dans des lignées cellulaires de tiques. Ainsi, les approches de séquençage shotgun ne permettent pas d’obtenir une profondeur de séquençage suffisante à l’assemblage d’un génome de cette bactérie, afin de réaliser des analyses de génomique comparative. Notre projet consiste dans un premier temps à évaluer la faisabilité de l’utilisation de la technologie Nanopore, couplée aux approches d’adaptative samplings afin d’isoler la première séquence de référence complète européenne d’Aph. Nous souhaitons également évaluer la faisabilité de cette approche pour le séquençage d’échantillon en routine afin de construire une banque de génome anaplasma représentative.
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