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#7214 : Inventaire des protistes des sols de France (RMBS biodiversité)
Topics: Metagenomics (16s)
Origin: Academic
Project type: Service

Name of Applicant: Palka Laurent
Date of application: 12-05-2022
Unit: Other
Location: CESCO MNHN 43, rue Buffon 75005 Paris
Phone: 0140793463
@ Mail: palka@mnhn.fr
@ PI-Mail: emmanuelle.porcher@mnhn.fr

Project context and summary:

La première campagne du RMQS (réseau de mesures de la qualité des sols) de l’INRAE a abouti à une carte de France métropolitaine de l’ADN microbien des sols et à l’inventaire des taxons bactériens de ces sols. Devant ce succès, l’OFB (Office Français de la Biodiversité) a décidé de voir s’il était possible de mener une nouvelle campagne pour élargir l’inventaire à toute la biodiversité. C’est pourquoi on m’a demandé de prendre en charge l’inventaire des protistes.
Le projet déposé ici entre dans ce contexte. Il s’agit de la phase préliminaire de test de faisabilité avec 29 sites échantillonnés sur tout le territoire. L’INRAE, qui pilote le projet, a réalisé les échantillonnages en 2021 et début 2022 et l’extraction de l’ADN des 29 sols.
C’est cet ADN qui sera l’objet du métabarcoding des protistes.


Related team publications:
Palka L, Bittner, L, Lara E et Adl S (2022) Les protistes des sols, Etude et gestion des sols, 29: 145-151
Lentendu G, Lara E and S Geisen (à paraître) Metabarcoding Approaches For Soil Eukaryotes, Protists and Microfauna (référence complète à venir)
Adl SM, Bass D, Lane CE, et al (2019) Revisions to the classification, nomenclature, and diversity of eukaryotes. J Eukaryot Microbiol, 66:4–119
Service Delivery
Manager: marc.monot@pasteur.fr
Status: Closed


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